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雑誌,著作,招待論文,解説

[海外雑誌、著作]

  • Ken Komiya and Masayuki Yamamura
    “Cascading DNA Generation Reaction for Controlling DNA Nanomachines at a Physiological Temperature”
    (New Generation Computing, 2015, Vol. 33, No. 3, to appear)

  • Ryoji Sekine, Masayuki Yamamura
    "Design and control of synthetic biological systems," Proceedings in
    Information and Communications Technology, vol. 6, pp. 104-114, 2013

  • Ryoji Sekine, Daisuke Kiga, Masayuki Yamamura:
    Design strategy for an initial state-independent diversity generator,
    Chem-Bio Informatics Journal 2012 12: 39-49

  • Ryoji Sekine, Masayuki Yamamura, Shotaro Ayukawa, Kana Ishimatsu, Satoru Akama, Masahiro Takinoue, Masami Hagiya , and Daisuke Kiga:
    Tunable synthetic phenotypic diversification on Waddington's landscape through autonomous signaling,
    Proceedings of the National Academy of Sciences 2011 108:17969-17973

  • Ken Komiya, Masayuki Yamamura and John A. Rose:
    Experimental Validation and Optimization of Signal Dependent Operation in Whiplash PCR,
    Natural Computing, Volume 9, Number 1, 207-218, DOI: 10.1007/s11047-009-9140-1 (2010)

  • Hiromi Arai, Satoru Watanabe, Takanori Kigawa, Masayuki Yamamura:
    A new modeling method in feature construction for the HSQC spectra screening problem,
    Bioinformatics 2009 25: 948-953

  • Hiroshi Sekiguchi, Daisuke Kiga, Ken Komiya, Masayuki Yamamura:
    A Design and Feasibility Study of Reactions Comprising DNA Molecular Machine that Walks Autonomously by using a Restriction Enzyme,
    Natural Computing, # DOI: 10.1007/s11047-008-9077-9 (2008).

  • Ken Komiya, Kensaku Sakamoto, Atsushi Kameda, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi, Daisuke Kiga, Shigeyuki Yokoyama and Masami Hagiya,
    DNA polymerase programmed with a hairpin DNA incorporates a multiple-instruction architecture into molecular computing,
    BioSytems, 83: 18-25, 2006

  • Kenichi Wakabayashi, Masayuki Yamamura,
    A Design for Cellular Evolutionary Computation by using Bacteria,
    Natural Computing, Vol.4, pp.275-292 (2005).

  • Atsushi Kajita, Masayuki Yamamura, Yuji Kohara,
    Computer Simulation of the Cellular Arrangement using Physical Model in Early Cleavage of the Nematode Caenorhabditis Elegans,
    Bioinformatics, 19(6):704-716, 2003

  • Masayuki Yamamura, Tom Head, Masami Hagiya,
    Biomolecular Computing - Preface,
    New Generation Computing, 20(2): 215-216, 2002

  • Akio Nishikawa, Masayuki Yamamura, Masami Hagiya,
    DNA computation simulator based on abstract bases,
    Soft Computing, 5(1): 25-44, 2001

[国内雑誌、著作]

  • 秋川元宏, 安田翔也, 山村雅幸 :
    "コンピューターは魔法の箱?"シリーズ,
    東京化学同人『現代化学』, 2017年1-6月号(全6回)

  • 染谷博司, 山村雅幸, 坂本健作 :
    "分子計算のための一点から開始される探索法",
    人工知能学会論文誌, Vol.22, No.4, pp.405-415, 5月 2007. #DOI: 10.1527/tjsai.22.405. (査読有り)

  • 土居茂雄, 山村雅幸:
    局所負荷に基づき エージェントの Loop-Free 移動制約を適切に使い分ける AntNet の提案と評価,
    電子情報通信学会論文誌和文A 5月号, Vol.J90-A, No.5, pp.450-490 (2007.05)

  • 吉良聡, 礒合敦, 山村雅幸:
    データマイニング技術を用いた組換えタンパク質の発現量解析,
    人工知能学会誌, Vol.21, No.1, pp.481-491 (2006.01).

  • 土居 茂雄, 山村 雅幸:
    リンクの相対負荷とエージェントの移動制約を考慮したフェロモン揮発法の提案と評価,
    電子情報通信学会 B, Vol.J87-B, No.1, pp.48-59 (2004.1).

  • 田中文英, 山村雅幸,
    MDP集団の上におけるマルチタスク強化学習,
    電気学会 電子・情報・システム部門誌,2003年5月号, 2003

  • Shigeo Doi, Masayuki Yamamura,
    BntNetL and its evaluation on a situation of congestion,
    Electronics and Communications in Japan, 85(9):31-41, 2002

  • 染谷博司, 山村雅幸,
    探索オペレータの機能分担を考慮した進化型計算による関数最適化,
    電気学会論文誌C, Vol.122-C, No.3, 363-373, 2002

  • 樋口 隆英, 筒井 茂義, 山村 雅幸,
    実数値GAにおけるシンプレクス交叉の提案,
    人工知能学会論文誌,16(3):147-155, 2001

  • 染谷博司, 山村雅幸,
    最適解の位置にロバストな実数値GAを実現するToroidal Search Space Conversionの提案,
    人工知能学会論文誌,16(3):333-343, 2001

  • 西川明男, 有田正規, John A. Rose, 西川明男, 山村雅幸,
    DNAコンピュータ,
    萩谷昌己, 横森貴編, 培風館, 2001

  • 山村 雅幸,
    分子メモリー-アクエアスコンピュー タの分子生物学的実現,
    数理科学, No.445, 39-45, 2000

  • 山村 雅幸, Tom Head, Susannah Gal,
    アクエア ス・コンピューティング-分子メモリの計算原理 と分子生物学的実現-,
    北野 宏明編著, 遺伝的ア ルゴリズム4, 第2章, 49-73, 産業図書, 2000

  • 土居茂雄, 山村雅幸,
    BntNetLとそのふくそう時における能力の評価,
    電子情報通信学会論文誌, Vol.J83-B, No.12, 1702-1711, 2000

  • 山村 雅幸,佐藤 浩,小林重信,
    最小騙し問題を用いた世代交代モデルの解析,
    人工知能学会誌, 13(5):746-756, 1998

  • Hajime Kimura, Masayuki Yamamura, Shigenobu Kobayashi,
    Reinforcement Learning in Partially Observable Markov Decision Processes: A Stochastic Gradient Method,
    Journal of Japanese Society for Artificial Intelligence, 11(5):787-794, 1996

  • Masayuki Yamamura, Kazuteru Miyazaki, Shigenobu Kobayashi,
    A survey on learning for agents,
    Journal of Japanese Society for Artificial Intelligence, 10(5):683-689, 1995

[招待論文]

  • Daisuke Kiga and Masayuki Yamamura:
    Synthetic Biology, Tutorial on Programming Natural Systems:
    Part2. Programming Cells, New Generation Computing, Vol.26, No.4, pp.347-364 (2008.04).

[解説]

  • 山村雅幸
    分子メモリと分子機械の実現と利用法、
    高分子, Vol.56, No.12, p.986 (2007.12).

  • 木賀大介, 山村雅幸:
    構成的生物学-つくることで理解する生物学-,
    人工知能学会誌, Vol.20, No.6, pp.715-721 (2005.03).

  • 山村 雅幸:
    ウエット進化計算,
    別冊「数理科学」分子コンピューティング特集, 24-30 (2004.03).

  • Ryoji Sekine, Masayuki Yamamura, Masami Hagiya and Daisuke Kiga
    Tunability of the ratio of cell states after the synthetic diversification by the diversity generator,
    Communicative & Integrative Biology, volume 5, Issue 4